Việc xử lý đối với hành vi vi phạm pháp luật về khiếu nại hiện nay tuân theo các quy định về xử lý kỷ luật đối với cán bộ, công chức. Thanh tra Chính phủ đang trình dự thảo Nghị định sửa đổi, bổ sung Nghị định hướng dẫn thi hành Luật khiếu nại, trong đó có quy định cụ thể các dạng hành vi vi phạm và chế tài áp dụng tương ứng. Trong thời gian tới, sau khi Nghị định được ban hành, các cơ quan thanh tra sẽ có hướng dẫn cụ thể và tăng cường thanh tra, kiểm tra nhằm xử lý vi phạm trong công tác giải quyết khiếu nại.